Структурных подразделений у МБОУ "ЦО № 12" - нет.
Формами самоуправления Центра являются Конференция, Управляющий Совет Центра образования, педагогический совет, Совет по вопросам регламентации доступа обучающихся к информации в сети Интернет, общее собрание работников и другие формы.
Структура Центра образования состоит из 4-х уровней.
- Дошкольное образование
- Начальное общее образование (1-4 классы)
- Основное общее образование (5-9 классы)
- Среднее (полное) общее образование (10-11 классы)